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根据知识库中关于唐朝三省六部制的记载，门下省在审核诏书时若发现不合理条款，可通过以下程序驳回：

1. 审核流程：中书省负责草拟皇帝的诏令，门下省负责审核诏令。门下省若发现诏令内容不合理，有权进行驳回。
2. 封驳权：门下省行使"封驳"权，即对不合理的诏令进行封还（拒绝签署）或驳正（提出修改意见）。这一权力体现了三省之间的相互制衡。
3. 协调机制：根据三省六部制的设计，中书省、门下省和尚书省相互协调。如果门下省驳回诏令，需将意见反馈给中书省重新拟定。
4. 执行限制：只有经过门下省审核通过的诏令，尚书省才会执行。若门下省不通过，诏令将无法生效。 这一制度设计在贞观时期得到进一步完善，成为唐朝政治清明的重要保障。 魏征(580---643)作为著名谏臣，其事迹也体现了门下省封驳权的实际运作。